Logros del Laboratorio: Extranjeros, Depredadores, y Sesos

Estoy un poco tarde por escrito esto, pero nuestro laboratorio tiene unos trozos de noticias estelar desde el par de semanas pasado. En primer lugar, y el más emocionante:

Foto de Stephanie Rosales

Te presento al hombre anteriormente conocido como el Sr. Rory Welsh. Ahora se llamará Dr. Rory Welsh. O, más probablemente, todavía sólo Rory. Ese chico es uno de los chicos más humildes y más impresionantes de todo. Desde que defendió con éxito su tesis de doctorado la semana pasada, él es ahora formalmente conocido como un experto en nuestro campo, y uno de los más destacados expertos en su especialidad. Sé que hablo por todo nuestro laboratorio y muchos otros cuando digo felicitaciones – te lo mereces.

En el curso de nuestro tenencia como estudiantes de doctorado, debemos tomar clases, dar clases, realizar investigaciones, y compartir esas investigaciones por medio de una serie de presentaciones públicas. Y, lo más importante, debemos hacer alguna contribución verificable al conocimiento colectivo de nuestro campo. Lo que me lleva a las otras noticias divertidas del laboratorio. Durante la preparación de la defensa del tesis de Rory, acabó un par de proyectos y escribió varios papeles. Uno fue aceptado a la influyente ISME Journal y se convirtió disponible en línea justo antes de su defensa. A otra (lo que fue co-escrito por un científico particular que escribe blogs y que todos sabemos…), él presentó recientemente a la revista de acceso abierto PeerJ y se pasa por el proceso de revisión. Aunque ya no ha sido aceptado, la pre-impresión también se convirtió disponible en línea la semana pasada. Ambos de estas papeles tratan la ecología fascinante de una bacteria especial asociada con corales y llamada Halobacteriovorax. Te podría decir más sobre ella, pero pienso que sería mejor escuchar esa historia directamente de la boca del Doctor. ¡Rory te dirá acerca de ellas, pronto!

¡La semana pasada también vio la publicación de aún otra papel del laboratorio! Stephanie, quien ha escrito anteriormente una entrada para el blog, tenía su papel publicó sobre los metagenómica de los sesos de focas! Está ahora disponible en otra revista de acceso abierto, PLOS ONE. Stephanie también trabaja en otra entrada del blog que hablará sobre ese papel.

¡Uf! El resto del laboratorio ha estado bastante prolífico. Definitivamente me siento que tengo que intensificar mi juego…

Viajero Frecuente

Pues, a partir de ahora, he vuelto 50,000 millas para este proyecto. Desde marzo. Es cómico; reí cuando Becky me avisó que el trabajo requeriría muchos viajes…

Oh, por cierto, estoy en Montserrat. La volcánica isla caribeña que inspiró a Jimmy Buffet para escribir su canción clásica ‘Volcano’. Míralo a YouTube.

Me subí a otro pequeño avión y aterricé en otra pequeña isla.

Me subí a otro pequeño avión y aterricé en otra pequeña isla.

Estoy ayudando el Instituto Waitt con algunos estudios ecológicos, y en retorno, espero ser capaz de conseguir algunas muestras para mi proyecto. Pero la primera vez que oí hablar de esto fue hace 7 días y sólo ahora empiezo sentirme a casa en mi alojamiento. But I found out about this just 7 days ago and am only just settling in to my accommodations. ¡Tan divertido!

Because why not

¿Por qué no?

Antigua

Gestión de fotografías

Antes que nada, juega con este mapa interactivo de nuestras ubicaciones de muestreo en nuestra página de inicio del proyecto, porque he estado trabajando en el durante la última semana y estoy muy orgulloso de ello :).

Ahora, tengo que hacer una confesión.

A pesar del enfoque singular de mis entradas anteriores en el blog, mi trabajo no está simplemente basado en la natación en los trópicos. De hecho, la mayoría de los meses del año, puedes encontrarme aquí, dándome un baño en la luz de la pantalla de mi computadora en lugar del agua.

He estado queriendo escribir más mensajes mientras estoy en los Estados Unidos, pero es un poco más difícil “darle vida” al tema. Así que me he quedado fuera. Hoy, sin embargo, creo que tengo un tema interesante que iniciará un nuevo trabajo de entradas relacionando la parte de mi trabajo más interesante y la que consume más tiempo: el trabajo de computadora.

Desde que volvimos de Reunión hace un par de semanas, he gastado una cantidad considerable de tiempo preparando la información y las fotos de nuestros viajes para que estén organizados, útiles y accesibles públicamente. Hasta el momento, el equipo ha recogido más de 3.000 fotografías de más de 500 muestras de coral. Mantener estos organizados puede llegar a ser muy difícil a medida que seguimos progresando, así que he estado trabajando con una variedad de herramientas para hacerlos más fácil. Cuando estamos en el campo, tomamos un montón de fotos de cada coral individual, desde primeros planos que muestran pequeños detalles morfológicos, a fotografías de gran angular que podemos usar más tarde para determinar el entorno del coral. También tomamos fotografías del arrecife, fotografías de unos a otros, y fotografías de esa impresionante criatura que nunca he visto antes y está tan cerca, tan llena de color y taaan chevere y ¡mirar como se alimenta! – está agitando sus antenas alrededor y cogiendo cosas y ¡¡es tan impresionante!!

En serio, esta gamba mantis estaba loco de fresco

En serio, esta gamba mantis estaba loco de fresco

Al final del día, tengo cientos de fotos. Algunas son bonitas, algunas necesitan un trabajo de pos-procesamiento para convertirse en bonitas, algunas definitivamente no son bonitas pero pueden ser utilizadas como información, y algunas podrían ser usadas como información con algún pos-procesamiento de los suyos. Cada fotografía puede tener una o múltiples muestras en la misma, o podría ser un gran ejemplo de una enfermedad particular, o tal vez sólo es uno de nosotros poniendo una cara divertida. Para ser útiles, necesito una forma de encontrar estas fotos otra vez, en algún lugar en medio de otras 47,000 fotografías de mi disco duro (en serio).

Ummm... data?

Ummm… ¿información?

La primera herramienta que uso para gestionar el desorden es Adobe Lightroom. Lightroom me permite procesar mis fotografías en bruto y añadir palabras clave a las fotografías para poder buscarlas fácilmente más tarde. Cuando importo todas las fotos de una inmersión particular, por ejemplo, tengo en Lightroom añadidas automáticamente las coordenadas GPS para la inmersión y palabras clave para el nombre del sitio, proyecto, fotógrafo, etc. Luego voy por la fotografías y añado palabras clave a cada una que incluyen códigos de identificación de muestras y todas las cosas interesantes de la foto, como peces, enfermedades, o buceadores. Ahora, hay dos aspectos muy interesantes de las palabras claves de Lightroom que aprovecho. El primero es que puedes establecer sinónimos de las palabras clave así que cada vez que etiquetas una foto con una palabra, sus sinónimos también serán automáticamente adjuntados. Puedo etiquetar una foto con ‘pez león’, y eso está todo muy bien. Pero más tarde, podría estar pensando de manera científica y quiero buscar todas mis fotografías que contengan ‘Pterois radiata‘. Si tengo previamente dicho a Lightroom que el nombre científico y el nombre común son sinónimos, mi búsqueda encontrará exactamente lo que necesito.

Pero ¿si lo que quiero es encontrar todas las fotos de peces que pertenezcan a los Scorpaeniformes (el grupo que incluye a ambos el pez león y el pez piedra)? El segundo aspecto práctico de las palabras clave de Lightroom llega aquí: pueden ser colocados por jerarquía. He colocado la palabra clave ‘Pterois radiata‘ dentro de ‘Pterois‘, dentro de ‘Scorpaeniformes’, entonces cada vez que etiqueto una foto con el simple término ‘pez león’, es también etiquetada con sus grupos taxonómicos superiores. Para nuestras muestras, incluso puse la palabra clave de la ID de la muestra dentro de sus correspondiente especies. De hecho, he establecido un árbol taxonómico completo de los nombres de los organismos dentro de mis palabras claves, así que cada vez que etiqueto una sencilla muestra con ID, la fotografía está realizando búsquedas con los términos que corresponden a todos los distintos niveles del árbol de la vida. Es immmpresonnnnanteee.

Palabras claves manuales (5): E10.17.Cyp.sera.1.20150628, Bahía Norte, Pulpo, Fotografía de Joe Pollock, Muestra GCMP
Palabras clave que resultan (29): Animal, Antozoo, Australia, Cefalópodo, Cnidaria, Cnidario, Cyphastrea, Cyphastrea serailia, E10.17.Cypsera.1.20150628, GCMP, Muestra GCMP, Coral duro, Hexacoralario, Indo-Pacífico, LH_282, Isla de Lord Howe, Merulinidae, Metazoo, Molusco, Bahía Norte, Pulpo, Océano Pacífico, Fotografía por Joe Pollock, Protóstomo, Robusto, Escleractinio, Coral Pétreo, XVII, AU

El próximo nivel de gestión fotográfica para mí es el pos-procesamiento. No estoy cerca de ser un experto fotógrafo o editor de imagen, pero estoy aprendiendo. Aún es asombroso para mí cuanto puede ser mejorada una fotografía con un par de ajustes rápidos de exposición y niveles. La mayoría de las veces, las fotografías parecen venir de ‘fuera de la cámara’ con una mirada descolorida y de contraste bajo. Las fotografías subacuáticas siempre tienen sus colores desordenados. Cuando tomamos fotografías de muestras, generalmente ponemos una carta de color normal y CoralWatch Coral Health Chart en el encuadre así podemos hacer los ajustes correctos más tarde. Retocando el color y la exposición no sólo hacemos las fotos más bonitas, esto puede ayudarnos a entender los corales. Es difícil detectar manchas de enfermedad o la presencia de blanqueo cuando la fotografía completa tiene varios tonos oscuros de verde. Lo mejor de Lightroom (al menos comparado con Photoshop y algunos otros programas de edición de imágenes)* es la capacidad de hacer ajustes en bruto. A menudo, una serie especial de fotos fueron todas tomadas en condiciones muy similares. Diga, todas las fotos de una única inmersión, donde estuvimos a 30 pies con una cantidad especial de visibilidad y nubosidad. Puedo jugar solo con una de las fotografías, consiguiendo apenas los ajustes correctos, luego simplemente copiar esos ajustes y pegarlos en el resto de las fotografías de la inmersión. ¡Voila! Cientos de fotos editadas.

Antes de los ajustes

Después de los ajustes

Yyyyyy antes

Yyyyyy antes

Yyyyyy después

Yyyyyy después

Una vez que tengo editadas y organizadas las fotos, puedo hacer cosas divertidas con ellas, como exportarlas a Flickr para explorarlas plácidamente, o incrustarlas en el mapa que exploraste en el principio de la entrada. Pero explicar eso es para otro día…

*Una nota sobre el software. El siguiente mejor software para fotografía que he usado es gratis de Google (¡gratis!) Picasa. Picasa también te permitirá editar lotes de fotografías, y tenía el reconocimiento facial mucho antes que Lightroom. iPhoto también tiene estas características. Pero hasta donde sé, la palabra clave en Picasa e iPhoto no soporta jerarquías o sinónimos.

¡Merci Beaucoup!

Aunque a nosotros generalmente nos gusta anunciar todos los detalles divertidos de nuestro projecto, hacer trabajo de campo internacional es dificil. Montañas de papeleo y preparación se exigen para nuestros viajes (gran parte de ella a menudo estresante y de última hora), y cuando llegamos, por lo general no conocemos muy bien los corales locales, no conocemos el idioma tan bien como creíamos, ni conocemos el área en absoluto. Estamos aprendiendo a medida que vamos sobre todas las mejores maneras de hacer nuestros viajes sin problemas.

Pero por ahora, como yo estoy sentado en el aeropuerto de Paris de camino a casa, me gustaria dar un grito por toda la gente que ha ayudado a hacer este particular viaje. Uno de los primeros contactos que hizo Jerome en la isla fue con Le Club de Plongee Suwan Macha – una organización de buzos que trabaja como una cooperativa, comprando y manteniendo recursos que son compartidos por los miembros en un muy asequible precio. Este sistema funciono de forma fenomenal para nosotros para hacer inmersiones personalizados y parece que es un impresionante montaje para buceo científico en general. Incluso sacamos unos pocos tanques de aire para algunos de nuestros ‘trabajos de laboratorio’, no relacionados a buceo. Después de juntarnos en el Club, el presidente de funciones, Pierre Grisoni, ofreció su tiempo para conducir el bote y rellenar los tanques para nosotros para todas los inmersiones que hicimos en la costa oeste de la Isla. Esas inmersiones fueron esencialmente a nuestras colecciones y formaron el núcleo de nuestro viaje! Merci beaucoup à Pierre y el resto del club!

Thanks, Pierre!

¡Gracias, Pierre y Suwan Macha!

Otro contacto importante fue el Dr. Jean-Pascal Quod, presidente de Reef Check France [Monitoreo Arrecifal de Francia] y gerente de Pareto Econsult. Jean-Pascal y el club de buceo SUBEST estuvieron instrumentales en nuestras colecciones en el lado Este de la isla, y nos mostraron algunas arrecifes realmente grandiosos allí.

Tal vez la entidad local más importante fue La Reserva Natural Marina de La Réunion (RNMR), que nos proporcionó permisos para colecciones locales y preparó nuestro permisos de exportación de CITES. Tratar con este papeleo es a menudo la parte más difícil de nuestro trabajo, y ser capaz de trabajar con la autoridad local de gestión es esencial para nuestro proyecto.

Muchas otras personas han sido de gran ayuda en este viaje en particular. Para empezar, gorroneé un viaje hacia y desde el aeropuerto de Portland con mis padres, que es excelente. También dejé mi coche con ellos y tuve un lote más ayuda de ellos antes de salir. Pienso que la madre de Amelia también trajo a ella y a Jerome al aeropuerto, después de coser rápidamente juntos el bolsillo de peso de mi chaleco de buceo para mí. Ummm, ¡impresionante! ! Y entonces hay la madre de Jerome, que en múltiples ocasiones nos acogió para cenas pendientes mientras estábamos en la Réunion. ¡Todo en la vida es más fácil con padres como estos!

Les parents

Les parents McMinds: merci por todo lo que hacen

También conocimos a muchos de los amigos y familiares de Jerome mientras estábamos allí, varios de ellos nos proporcionó comida deliciosa, también. ¡Gracias a todos ustedes por mostrarnos su isla y hacer el viaje genial!

Desde que empezamos a planificar el viaje, ha habido una persona que hizo los contactos adecuados, habló el lenguaje adecuado, y trabajó duro para conseguir todo de los permisos y hacer el papeleo en francés: el Dr. Jerome Payet. Además de organización anteriormente al viaje, también sirvió como nuestro guía, facilitador, traductor, y codirector durante todo el viaje. He trabajado con Jerome mucho en los varios años pasados, y ha sido un parte del laboratorio integral para un poco más de mi, pero trabajar en este proyecto en particular era generoso por su parte. Este viaje se produjo en un momento especial para Jerome, también, por que él se está transladando a trabajar con un laboratorio diferente en OSU. El trabajo que él hizo es por lo tanto muy apreciado. Gracias – ¡¡te extrañaremos!!

Au revoir, Jerome

Au revoir, Jerome

Introducción a la estrategia de muestreo

El muestreo está aumentado aquí en Reunion, y las casillas de verificación están llenándose junto a los nombres de corales. En los últimos tres días, hemos recogido muestras de 27 corales, representando 22 especies de 16 géneros, 11 famílias y 2 clases. Ya que el proceso material de la toma de una muestra supone simplemente rozar una jeringa contra ello y partir un trozo diminuto, nuestro número no puede ser realmente muy alto. Sin embargo, hay varias cosas que hacen que el proceso tome más tiempo que la teoría predeciría. Como Amelia mencionó en la última entrada, una cosa que nos ralentiza es el ambiente. Habíamos descubierto antes que trabajar en agua poco profunda no es fácil. En la laguna aquí en Reunion, el agua es a menudo tan poco profunda que estamos intentando encontrar corales vivos en agua a la profundidad de un tobillo, entonces tener que encontrar una forma de tumbarse para examinarlas sin aplastar el arrecife o sentarse en un pez escorpión venenoso. En otros lugares, el agua está a la altura de la cintura, y las olas rompiendo en la cresta continua en el arrecife de atrás, chapoteándonos entre los corales afilados y los corales de fuego punzantes, y haciendo muy difícil permanecer suficientemente estable para tomar las fotos y muestrear. Además, el invierno está aquí, y el agua está “fría”. 76 grados Fahrenheit parecen calientes al principio, pero después de aproximadamente 4 horas de estar submergido en ella, el agua aún socava todo el calor de nuestro cuerpo. ¡Nos estamos convirtiendo en frío y quemado por el sol, y estamos recibiendo una paliza!

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Pero, si ese fuera el único problema, yo diría que ¡sólo tendríamos que aguantar y hacer el trabajo! Pero otro, mayor problema es que tenemos que encontrar los corales. No sólo cualquiera, sino una lista relativamente específica de tipos de corales. Sólo tenemos planeado coger un pequeño número de muestras de cada tipo mientras estamos aquí, y preferíamos no cogerlas todas del mismo lugar en el mismo tiempo. Ante mencioné que factores confusos pueden hacer difícil determinar que variable es responsable en una tendencia dada. Si todo lo que encontráramos en el Día 1 fueran Porites y Acropora, e inmediatamente cogiéramos todas las muestras del viaje de aquellas especies, habríamos confundido nuestra variable de especies con las de tiempo y de lugar. Más tarde, si cogiéramos todas las muestras de Fungia en un solo día diferente, sería difícil confiar que las diferencias en los microbios entre nuestras muestras de Porites y Fungia fueran realmente atribuibles a la especificidad del huésped. Una explicación alternativa igualmente buena sería que los microbios en los corales del Día 1 fueran diferentes que los microbios en los corales del Día 5, no importa cuáles especies muestreáramos en cada día. Esto es probablemente cierto para muchos microbios debido a diferencias en la preponderancia de la enfermedad, la altura de la marea, la dirección de la corriente, el nivel de la luz, etc. Para confiar en que las diferencias son debidas a las especies de coral, necesitamos tener un plan de muestreo claro. Una solución es encontrar y muestrear replicas de muchas especies de corales diferentes en el mismo día. Las diferencias entre estas muestras serían más confiablemente atribuibles a colonias individuales y, a través de la replicación, a especies de coral. Así que hacemos nuestro mejor para encontrar localizaciones que tengan altos niveles de diversidad. Arrecifes de alta diversidad eran fáciles de encontrar en Lizard Island y KAUST e ¡hicieron nuestro muestreo ir mejor allí!

No tenemos problemas en encontrar Porites (masiva) y Acropora (ramificado)...

No tenemos problemas en encontrar Porites (masiva) y Acropora (ramificado)…

Este Fungia, sin embargo, es solo lo único que habíamos encontrado, hasta ahora.

Los primeros varios días que estuvimos en Reunion, dedicamos mucho tiempo a explorar la laguna en la calle justo debajo de nuestra casa alquilada. Elegimos la casa esperando que la mayoría de nuestro muestreo sería justamente un paseo y nado corto de distancia. Sin embargo, no encontrábamos mucho en aquellos arrecifes. De las aproximadas 16 familias de coral que esperábamos encontrar aquí, sólo 2 fueron comunes, y encontramos sólo 5 en total allí. Así después de un fin de semana de exploración de la isla por diversión (escapándo de los ojos críticos de las grandes masas de la playa), comenzamos nuestro muestreo en la laguna de Trou d’Eau, un paseo corto por coche al sur de nosotros. Los arrecifes allí eran, si algo, menos abundantes y diversos que los de aquí. Obtuvimos muestras de 5 familias, y replicación de sólo 2 de esas familias. Así al día siguiente fuimos incluso más al sur, a Saint-Leu, para ver si nuestra suerte sería mejor. En realidad, encontramos un arrecife que tenía mucha más cobertura y mucha más diversidad que aquellas al norte. Recogimos muestras de 8 familias, ¡5 de las cuales eran nuevas! Aún, con un total de 10 familias, todavía perdíamos varias que habían sido muy comunes y notorias en muchos otros arrecifes del Indo-Pacífico que he muestreado. Así ayer decidimos intentar un ambiente diferente y desafiar por buceo las arrecifes frontales infestados de tiburones. El día fue fabuloso – me gusta absolutamente el sentimiento de estar en un barco en los trópicos, y el sentimiento de respirar aire claro y fresco a través de un regulador mientras suspendido bajo el agua. Además, el muestreo es mucho más fácil bajo las olas, y no tiende a golpearnos. Pero el arrecife no era muy diverso. Encontramos 5 familias de coral – sólo 1 de ellas nueva.

¡Ahh, amo estar en el agua!

¡Ahh, amo estar en el agua!

Pensé que esto era una Montipora - ¡una inspección más cercana revela que es sólo otra especie de Porites!

Pensé que esto era una Montipora – ¡una inspección más cercana revela que es sola otra especie de Porites!

Escapada de fin de semana

Escapada de fin de semana

Las frías neblinas del volcán

Las frías neblinas del volcán

Mientras el viaje alcanza su punto medio, estamos preparados para ponernos para replicar lo que ya tenemos. Mantendremos nuestros ojos alerta para encontrar las familias de coral perdidas, pero estaríamos relativamente satisfechos con el repertorio actual si concluimos los hallazgos. Hoy, nos dirigimos de nuevo al sur, esta vez buceando en el arrecife frontal, donde esperamos encontrar una bonita combinación de muestreo fácil y corales diversos.

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Encontrar la luna y conocer Tiki

Habíamos pasado el fin de semana con la familia de Jerome y después de una noche de comida y risas estábamos listos para explorar la isla. Réunion tiene muchos diferentes microclimas con paisajes que se extienden desde bosques áridos a playas tropicales. Sobre nuestro camino al Volcán Piton de la Fournaise reflexionamos sobre cómo estos diferentes microclimas nos recordó una mezcla de lugares a través del mundo. ¡Incluso encontramos la luna!

Montaña o la luna?

Montaña o la luna?

Piton de la Fournaise es un volcán escudo y es uno de los volcanes más activos del mundo. Tienes alrededor 530,000 anos y 2,631 metros de altitud. Pitón de la Fournaise es uno de dos volcanes, la otra es Pitón des Neiges, que forman Reunión. Hasta hace pocas semanas, la erupción más reciente fue en 1986. Debido a su actividad, los senderos que circundan su cima estaban cerrados, pero todavía fueron capaces de obtener una vista impresionante de la misma!

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¡Piton de la Fournaise!

Por supuesto, ¡no podríamos haber hecho alguna de estas sin nuestro impresionante sombreros acompañados!

La mamá de Jerome nos equipa con sombreros acompañados para protegernos del sol.

La mamá de Jerome nos equipa con sombreros acompañados para protegernos del sol.

Ahora que el fin de semana ha terminado es el momento de ponerse a trabajar. Lunes llegó muy temprano con el canto de los pájaros y el olor de la ciencia en el aire! Como todos los buenos científicos, teníamos nuestro café ritual de la mañana y luego se fuimos al campo. Pasar la mayor parte del día muestreando podíamos ver la mayoría de la laguna en Saint-Gilles. En la laguna solo pudimos encontrar cinco clados diferentes de coral, una gran cantidad de pepinos de mar y cero tiburones.

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¡Una instantánea de los corales que recolectamos! (Montipora sp., Porites cylindrica y Porites lichen)

Lo más importante que debo decir sobre el Lunes es esto: cinturones de peso. Aunque estábamos en una laguna poco profunda nuestra pesa boyante seguía empujándonos hacia arriba, haciendo difícil – pero no imposible – muestrear. Desde la orilla estoy seguro que nos veíamos como dos nadadores sincronizados pobremente coordinados con nuestros pies agitándose en el aire mientras tratábamos de estar abajo.

Hoy, nos subimos al auto y fuimos a una sección distinta de la isla esperanzados en encontrar un arrecife con mas biodiversidad. Encontramos un tesoro y se saludamos por hermosos arrecifes en agua cristalina. Pero hubo una trampa: fuertes corrientes (las favoritas de todos). Las corrientes rápidamente nos introdujeron a Ryan y a mi en los corales de fuego de los alrededores y para el fin de la jornada del campo debo decir que todos nos convertimos en buenos amigos.

Afortunadamente, habíamos traído Tiki con nosotros así que no fuimos mordazmente lastimados. Tiki es el amuleto de la buena suerte del laboratorio Vega-Thurber y ha estado en casi todos los viajes de campo al que el laboratorio ha ido. Dicho eso, Tiki ha viajado mucho y ha padado muchos días en el mar (la conversión de su pelo negro a rubio es una prueba). Permitiré que Tiki se presente a sí mismo:

https://www.flickr.com/photos/131967103@N02/20690925201/in/album-72157651381609701/

Así amigos, ¡eso concluye los días pasados en Reunión!

Bienvenue à la Réunion!

¡Hola chicos! Me llamo Amelia Foster. Actualmente soy estudiante no licenciado aunque pronto me graduaré (yeah!) Antes del final de este verano, de hecho, habré terminado mis asignaturas principales de microbiología y de estudios internacionales. Comencé un voluntariado en el laboratorio de Becky como estudiante de segundo año en 2012. Bajo su tutoría he aprendido importantes técnicas de biología molecular, asociadas con la ecología de arrecifes de coral. Recientemente, me han dado la oportunidad de aprender técnicas de trabajo de campo con Ryan y Jerome en la Isla Reunión, Francia.

Nuestro patrón de vuelo de Oregon a Réunion

Nuestro patrón de vuelo de Oregon a Réunion

Después de más de 30 horas de vuelo, una cantidad exagerada de bebés llorando y un lote de pan y queso, llegamos a Reunión justo cuando el sol estaba saliendo por encima del agua. Originalmente llamado Bourbon, Reunión es una sección francesa situada en el océano Índico justo al este de Madagascar. Erupciones volcánicas iniciadas hace 5 millones de años formaron la isla que hoy alberga cerca de 850.000 personas. La isla estuvo deshabitada hasta el año 1643 cuando los Franceses enviaron al exilio doce convictos allí. A mediados del siglo XVII la isla fue más colonizada. Los colonos reclutaron una gran cantidad de esclavos para mano de obra, de África, Madagascar, la India y Tamil hasta el año 1848, lo que marcó la abolición de la esclavitud. Ahora, Reunión tiene una identidad multi-cultural con gente de todas partes del mundo.

Desde que llegamos a la isla sólo hace unos pocos días estuvimos enteramente inmersos (aunque todavía no puedo hablar en absoluto) en francés y hemos empezado haciendo estudios de campo. Desde la casa al mercado y a la playa, mi vida diaria se ha convertido en un juego de charadas. Recogiendo algunas palabras aquí y allá, puedo actualmente encadenar algunas frases que son inaplicables a casi todas las situaciones:

Je ne sais pas et jáime l´pomme et l´chat.  

Ryan lo está haciendo mucho mejor que yo y casi puede mantener una conversación en francés. Pero Jerome, que es de Réunion, sigue siendo nuestro salvador en casi todas las situaciones.

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Pasar el rato con la familia de Jerome

Jerome no sólo nos ha presentado a su familia y sus amigos de la isla pero nos ha dicho del aterrador homme-coq. El homme-coq tiene el cuerpo de una gallina y las piernas de un hombre. Vaga alrededor por la isla, aterrorizando a la gente y robando niños. Así que, debemos tener cuidado.

Pero incluso en la luz del peligroso homme-coq – y no mencionar los tiburones toros – hemos sido capaces de comenzar los paso preliminares en la preparación de nuestro trabajo del campo. Ryan ya me ha dado un curso intensivo en la identificación de corales mientras buscábamos géneros diferentes de coral en la laguna cerca de nuestra casa en Saint Gilles. Y la otra noche ayudamos a Jerome a recoger muestras de agua para después analizar su contenido viral.

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La playa bobine, donde muestreamos actualmente

Hoy, nos coordinamos con tiendas de buceo local para adquirir tanques y empezar muestrear algunos de los corales que identificamos.

Un día en la vida

Errrrgggg. Te puedo decir sobre todo el trabajo sordo, monótono, y soporífero del laboratorio, o nos podemos sentar y mirar juntos este vídeo. ¡Recordamos los buenos tiempos de trabajo del campo!

Ese vídeo se produjo por el departamento de medios de Oregon State University. Me complace mucho como resultó. La universidad está usando ése para propósitos publicitarias; sin embargo, los hombres que lo hicieron están usando las experiencias y el metraje para mucho más. Los medios son un aspecto emocionante del GCMP. Hacemos nuestro mejor esfuerzo para abrir nuestros proyecto, datos, y experiencias a colegas y al público, y un parte de nuestros fondos se asigna para la difusión de ideas científicas. A nosotros nos importa este aspecto, así que trabajamos con los hombres de los medios de la universidad para producir varios vídeos como estos, además de algunos artículos en línea y en revistas, y, la más emocionante, una película de largo metraje sobre la disminución de arrecifes de coral y las consecuencias para la personas que se les dependen. He aquí un avance (la mayoría de los metrajes de que es de Lizard Island):

Brevemente mencioné los hombres de los medios David y Justin en una entrada anterior, porque vinieron con nosotros para este viaje a Arabia Saudita. ¡Tenerlos aquí fue estupendo! Nada ayuda para aclarar los propósitos de un proyecto como hablar de él con ‘forasteros’.

Pero seriamente, este trabajo del laboratorio… Para cada día de bucear, he pasado dos en el laboratorio. Y un día ha sido desde ~9:00 a ~23:00 de media. ¡NO RECUERDO ESTE TOMANDO TANTO TIEMPO EN AUSTRALIA!

El GCMP

Turbinaria stellulata. Familia Dendrophylliidae (“Clad0 II”)[1]

En mi entrada pasada, mencioné que yo estaba continuando el proyecto que empecé el verano pasado en Lizard Island, Australia. Es cierto, pero con mis prisas por publicar una entrada sobre mi viaje actual, me hicieron descuidar algunas actualizaciones importantes. Lo primero y principal: ¡gracias a una beca NSF a través de su programa Dimensions of Biodiversity, nuestro proyecto es oficial y tenemos un nombre! El Proyecto Global del Microbioma Coral, o GCMP. El equipo está compuesto por miembros del Laboratorio Vega Thurber de Oregon State University y el Laboratorio Medina de Penn State University. Además de más dinero y un equipo amplio, los objetivos del proyecto también se han visto ligeramente ampliados. Nuestro objetivo sigue siendo entender cómo los diferente corales han evolucionado para estructurar sus comunidades microbianas, pero, como el nuevo nombre implica, ahora también estudiaremos cómo esas comunidades se diferencian geográficamente en los corales de todo el mundo. Sabemos que los corales que están relacionados entre sí pueden habitar ambientes muy diferentes, por lo que la descripción de los microbios que asocian con sólo un subconjunto de esos ambientes no conseguiría el cuadro completo Por ejemplo, los corales que se ven así:

Porites lobata, Pocillopora verrucosa, Pocillopora …?

se puede encontrar en lugares de tan amplio alcance como las aguas del Pacifico Oriental frías, ricas en nutrientes, y provocadas por afloramiento, las aguas tranquilas de las Islas de la Sociedad en el Pacífico Sur (donde tomé esta foto), y las aguas cristalinas y de manera positiva cálidas del Mar Rojo, desde donde estoy escribiendo esta entrada. .La mayoría de los taxónomos ubican individuos de cada extremo de su rango en la misma especie, pero en algún punto esto es una decisión arbitraria. Hay claras diferencias fisiológicas dentro de las especies de coral que están relacionadas con la geografía. Si transplantas la colonia de Pocillopora damicornis desde Panamá a Arabia Saudita, la elevada temperatura del agua podría casi sin duda causar la blanqueamiento y muerte. Por qué? No sé. Algunos investigadores, tales como los del Laboratorio Meyer de OSU, están tratando de calcular eso por considerar las diferencias genéticas en los corales. Otros sugieren que los corales pueden aclimatarse gradualmente a tales extremos de temperatura. Nosotros pensamos que esas hipótesis son parte de la historia, pero que los microbios que viven con los corales podrían contar otra parte importante. Después de todo, las interacciones con microbios por enfermedad y blanqueamiento son las causas más comunes de muerte de coral. Si comparamos las diferencias en microbios a través de un rango de ambiente de una especie hospedera a las diferencias que se explican por la historia evolutiva del coral, quizá podríamos ser capaces de explicar por qué algunos corales son más tolerantes por variación en el ambiente que otros.

¡Revela sus secretos para mí, oh corales!

Mientras aplazo mi montaña del trabajo de laboratorio en cola, estoy alegremente organizando y editando mis fotos del campo. Hemos fotografiado cada colonia de coral muestreada, esperando usar la colección como una copia de seguridad para los metadatos que hemos colectado simultáneamente. La foto en la parte superior de esta página representa el último coral que muestreamos en este viaje – ¡uno que me hico agitar los puños bajo el agua con entusiasmo! No es una especie particularmente rara, pero Jesse y yo tenía una lista de deseos larga, un corto periodo de tiempo, y un limitado número de arrecifes para explorar. Con el fin de describir los extensos niveles de variación en el microbioma coralino, trataremos de muestrear al menos dos especies de cada familia de coral que nos encontramos, en cada lugar. Después de visitamos varios arrecifes alrededor del mundo, esperamos tener suficientes réplicas de cada familia para describir cómo difieren entre sí. A medida que nuestros tanques de aire lentamente bajan su gas, todavía no habíamos encontrado un representativo de los Dendrophylliidae que tenía simbiontes, aunque ¡sabíamos que existe por aquí en algún lado! Justo cuando lo hube abandonado, descubrí esa roca amarilla. Y sinceramente, la excitación que sentí en ese momento es la razón real por lo que yo hago lo que hago.

El premio es ganado.

El premio es ganado.

¿Dónde dijiste que estuviste?

Registro de expedición. 2 de Marzo de 2015. Universidad Rey Abdullah de Ciencia y tecnología (KAUST), Thuwal, Arabia Saudita.

Después de un agotador viaje de más de 48 horas (incluyendo conducir desde y hacia los aeropuertos, tiempo de vuelo, y escalas), hemos llegado a Arabia Saudita. Me duelen los pies, me duele la espalda, me duele la cabeza, y estoy agotado. En el 2015, nunca debería tomar tanto tiempo llegar realmente a cualquier lugar. Pero nosotros reservamos nuestros vuelos hace sólo una semana; nuestras visas llegaron justo el día antes de que partiéramos. Como resultado del carácter de último minuto de los planes, nuestro itinerario nos hizo parar en San Francisco, Chicago, Frankfurt, y finalmente Jeddah. Hubo tiempo suficiente durante la escala en San Francisco para que David y Justin, los chicos que filman, se encuentren con algunos familiares para cenar afuera del aeropuerto, y tiempo suficiente en Chicago para que todos tomáramos un breve recorrido en auto por la ciudad. Porque yo mismo nunca había estado en Chicago, disfruté a fondo de este tiempo a pesar de la niebla del agotamiento y la ropa maloliente. Pero en este punto, en realidad sólo tengo ganas de una buena noche de sueño.

Registro de expedición. 4 de Marzo de 2015. KAUST, Thuwal, Arabia Saudita.

Pasamos los últimos días recuperándonos de nuestro viaje, conociendo miembros de nuestro laboratorio de acogida, y familiarizándonos con KAUST. Qué lugar fascinante. Una ciudad universitaria entera, construida desde cero en el medio del desierto en sólo un par de años. Los edificios son enormes, monolíticos, incluso monumentales. Estoy viviendo en una casa de estudiantes que me recuerda más a un palacio, con tres pisos, una cama de talla grande y un amplio balcón que me permite disfrutar de la agradable brisa nocturna. Es más que impresionante. Y sin embargo, hay extraños signos de la rápida planificación y construcción. Aceras que no van a ninguna parte, mapas sin etiquetas, pegamento de muy mala calidad que ha llevado a la perdida de los caracteres en la señalización. Si, un lugar extraño.

Registro de expedición. 5 de Marzo de 2015. KAUST, Thuwal, Arabia Saudita.

Hoy fueron nuestros primeros buceos. Qué espectaculares los arrecifes! El tiempo estaba un poco rudo y estuvimos un poco mareados durante los prolongados intentos de anclar, pero una vez que nos metimos al agua, todo se fue. La oleada hacía casi imposible coleccionar muestras, así que por la mayor parte nos conformamos con unos buceos de exploración, recogiendo las vistas y poniéndonos al día sobre los tipos de coral locales. Increíblemente, aunque sólo esperábamos encontrar algo entre 4 y 8 grupos de coral (de un total de más que 21 por todo el mundo), dentro de tres buceos yo había descubierto 12, y espero encontrar al menos uno más. ¡Esos números emulan los que descubrí el año pasado en Australia, y muchos géneros coinciden! ¡Este será un viaje muy productivo!

Registro de expedición. 9 de Marzo de 2015 Algún lugar entre Arabia Saudita y Sudán. Sin tierra a la vista.

Dormimos en el barco en el puerto anoche y salió a los Farasan Banks en la madrugada. Traté de hacer un buceo de muestrear antes del desayuno… y he decidí que en el futuro no trabajaré de nuevo antes de comer. Pero después del primer buceo y un verdadero festín preparado por el tripulación, viajes posteriores bajo la superficie resultó productivo. Visitamos cuatro arrecifes hoy y conseguimos una buen diversidad de muestras de dos de ellos. ¡Empezamos con buen pie!

Registro de expedición. 16 de Marzo de 2015. KAUST, Thuwal, Arabia Saudita.

Después de cinco días de buceo, un día largo explorando Jeddah, y un día preparándonos para los otros tres chicos a salir, ¡estoy agotado! Pasé ayer ponerme al día con trabajo de computadora, y he empezado organizar nuestros metadatos y fotos. Finalmente, tengo algo de tiempo para compartir algunas de las vistas increíbles que hemos estado presenciando en el último par de semanas!


Qué ocupado ha sido este par de semanas. Nunca he estado tan estresado durante la planificación de un viaje – adquirir todos los permisos necesarios para viajar, preparar visas y vuelos y el papeleo – fue una locura! Espero que nunca obtengas un visa para viajar sólo un día antes de tus vuelos. Y ya que Jesse, David, y Justin solamente tenía dos semanas aquí para hacer las cosas, hemos estado empaquetando llenos los días desde entonces. ¡Uf!

Si te estás preguntando porqué estoy en Arabia Saudita, aquí está la respuesta:

Jesse samples at Al Fahal.Aquí hay otra respuesta:

Acropora, Pocillopora, Echinopora.

Oh, y luego está esto:

mind=blown.

El Mar Rojo tiene algunos de los más increíbles arrecifes en el mundo. Rodeado por desierto, hay poca o ninguna escorrentía o la contaminación para arruinar las aguas. Como resultado, la visibilidad es increíble, los colores son alucinante, y los corales son tan felices como podría ser. Lo que es más – son sanos a pesar de que las temperaturas del agua aquí son mucho más altos que los umbrales de blanqueamiento de los arrecifes in cualquier otro lugar en el mundo.

Continuamos el proyecto que empecé el año pasado en Australia, investigando los diferentes microbios que interactúan con corales alrededor del mundo, y decidimos que no podemos generalizar globalmente sobre todos los corales a no ser que incluyéramos los corales de este único medio ambiente. Como puedes ver por mis registros, tuvimos éxito con nuestras colecciones. Ahora, tengo mucho trabajo de laboratorio que hacer – Extracciones de ADN, cultivos de bacterias, y identificaciones de especies de coral usando características esqueléticas microscópicas. ¡Estoy seguro de que será una juerga!